En el año 734, a causa de la capitulación de la Cora de Tudmir, caería bajo el poder musulmán, emprendiendo entonces, y sobre todo entre los siglos X y XII, un proceso de lenta recuperación, que queda reflejado por su cita en las obras de escritores árabes.
Fue en 1245 cuando el entonces príncipe Alfonso -el que luego sería Alfonso X El Sabio- conquistó la ciudad, que recuperará su condición de sede episcopal. Con todo serán estos siglos bajomedievales una etapa de decadencia, de la que comenzará a salir en el siglo XVI con la reactivación económica y política generalizada que vive el país; pero, de nuevo, entrará en una profunda crisis a mediados del siglo XVII, que las epidemias agravarán aun más (peste de 1648).