Posteriormente se vendió parte del
convento a particulares, quedando sola la
iglesia, denominada en 1875, Iglesia Castrense de
San Fernando, que posteriormente se cambió al de
Santo Domingo, que perdura hasta la actualidad. La Cofradía Marraja de
Cartagena compró en 1690 una de las
capillas de la iglesia, siendo desde su construcción la sede de la cofradía y salida de la
procesión que efectuaban el Viernes Santo. La iglesia sufrió durante la Guerra Civil diversos desperfectos, siendo imposible desde entonces que la Cofradía pueda celebrar con normalidad los actos ceremoniales de la
Semana Santa.