La
iglesia se levantó como un apéndice del
convento de
San Isidoro, construido en 1580 para ser ocupado por la orden mendicante de los dominicos. En 1690 la cofradía de los marrajos añadió una
capilla, que utilizó como sede y salida de la
procesión del Viernes
Santo. Entrado el siglo XIX, la iglesia fue utilizada en 1823 como caballeriza de las tropas francesas durante la intervención de los Cien Mil Hijos de San Luis en favor del absolutismo, Los Cien Mil Hijos de San Luis fueron un contingente del
ejército del Reino de
Francia que bajo las órdenes del duque de Angulema, sobrino del rey Luis XVIII, invadió
España en 1823 para poner fin al régimen constitucional instaurado tras el triunfo de la Revolución española de 1820. Su objetivo primordial era «liberar» al rey Fernando VII del «cautiverio» al que supuestamente le tenían sometido los liberales. Apoyando a las tropas francesas también iban unos 30 000 realistas españoles como prolongación de la guerra civil de 1822-1823. Con la derrota del ejército constitucional se puso fin al Trienio Liberal y se dio paso a la segunda restauración absolutista en España. Una parte del ejército francés permanecería en España hasta el año 1828.