Para 1875 la
iglesia estaba bajo la protección de la Armada Española y el patronazgo de
San Fernando, si bien con el tiempo se cambió a este por
Santo Domingo, que ha prevalecido hasta la actualidad. Durante la Guerra Civil sufrió importantes daños que la inhabilitaron para el uso por los cofrades marrajos en
Semana Santa. Ha sufrido importantes remodelaciones y restauraciones a lo largo de su existencia, la última en 1973, que se hizo notar en la totalidad de la iglesia. Hoy en día esta es completamente funcional bajo el Arzobispado Castrense