La nueva construcción contó inicialmente con la oposición del cabildo metropolitano, si bien el apoyo del cardenal Belluga, a la sazón obispo de la Diócesis, y del mismísimo rey Felipe V posibilitaron la dación de 84 000 reales por parte del cabildo. De esta forma comenzaron las obras en 1713, dividiéndose la ejecución en tres fases: 1716-1749, 1750-1776 y 1780-1798. A partir de la segunda fase se abandonaron los planos originales y se siguió los dictámenes de las cofradías, promotoras de las
capillas, y terminada esta fase se procedió a la bendición de la
iglesia el 5 de diciembre de 1779. Desde entonces sufrió diferentes reformas y reconstrucciones, desde la que reconstruyó en 1880 las zonas afectadas por el bombardeo durante la Rebelión cantonal (1873), a una nueva destrucción deliberada el 25 de julio de 1936, durante la guerra civil, y una restauración al estilo neobarroco de Lorenzo Ros Costa en 1943.