En 1296, la ciudad pasaría a la Corona de
Aragón, legitimada la posesión por la Sentencia Arbitral de Torrellas, pero el Tratado de Elche de 1305 la devolvería a la Corona de Castilla. Durante el siglo XIV, el rey Pedro I de Castilla emprende la política de refortificar la ciudad con el fin de convertirla en
puerto pricincipal de la corona, continuando las obras en el
castillo de la Concepción. A pesar de estas obras, el castillo siguió sin acabarse.
Cartagena se convirtió en un importante puerto comercial en el que se instalaron comerciantes de varias naciones, especialmente genoveses.