Se supone algún asentamiento ibero en la zona desde el paleolítico. En la Edad de Bronce pertenecía a la región de la Contestania, aunque podría haber tenido importantes influencias de la ciudad de Mastia (los mastienos parecen situarse en la zona entre Cartagena y Mazarrón).
Existen restos arqueológicos marinos que señalan el paso de comerciantes fenicios desde 2600 a. C.
Se supone que fue una de las bases utilizadas para la conquista de Carthago Nova (Cartagena) por Publio Cornelio Escipión el Africano en las guerras púnicas (sobre 203 a. C.).
El Pinatar se desarrolla como una villa
romana centrada en la industria salinera, de una gran importancia en esa época. De este modo parece ser que la
Vía Augusta pasaba por
San Pedro del Pinatar (esta calzada unía Cartagena con Roma a través de las ciudades levantinas y del sur de la actual
Francia hasta llegar a
Italia). El descubrimiento de bastantes restos de pecios demuestra que también existía un elevado tráfico marítimo.
La caída del Imperio
romano y las posteriores conquistas visigóticas y árabes convirtieron El Pinatar en un poblado pesquero. Son muy conocidas las técnicas de
pesca árabes denominadas encañizadas que se mantienen en la actualidad como un
arte en el
Mar Menor.
Tras la reconquista cristiana se convierte en una de las zonas en disputa entre las coronas de Castilla y de
Aragón. El tratado de Torrellas (1304), modificado en 1305 por el tratado de Elche, lo sitúa en la frontera con los territorios de la Corona de Aragón hasta la unificación de reinos realizada por los Reyes Católicos. En esta época aumenta la población debido al asentamiento de
familias castellanas en la zona.
En los siglos XVI y XVII las actividades económicas siguen siendo las pesqueras, agrícolas y derivadas del trabajo en Las Salinas. Sin embargo, es necesario construir a lo largo de toda la costa "
torres vigía" debido a las incursiones de los piratas berberiscos, que en alguna ocasión llegaron a penetrar hasta
Murcia. La
torre de El Pinatar se construyó en 1602 y aparece en el
escudo de San Pedro del Pinatar, pero no se conserva en la actualidad. La Torre del Estacio es un ejemplo de otra de estas torres típicas de la costa meridional mediterránea que formaban una cadena desde la
Torre de la Horadada hasta Águilas.
En el siglo XVII se construyó un pequeño templo que dedicaron a San Pedro Apóstol, de ahí su nombre.
Esta localidad recibió su nombre hacia el siglo XVII, anteriormente se conocía como «El Pinatar», ya que se trataba de una extensa masa forestal donde abundaban los
pinos y donde se cazaba jabalíes en
invierno, hecho recogido en el Libro de la Montería de Alfonso XI. Tras la construcción por los franciscanos de una
ermita en el siglo XVII dedicada al culto a San Pedro Apóstol ya que la mayoría de los habitantes eran pescadores, los lugareños comenzaron a denominarlo «San Pedro del Pinatar».
Casa del
reloj o Quinta de San Sebastián. En ella falleció el cuarto y último presidente de la 1ª República Española D. Emilio Castelar y Ripoll. Desde finales del siglo XX se ha reconstruido y convertido en un
restaurante.
Se encuentra entre dos mares, el Mediterráneo y el Mar Menor y ofrece 14 kilómetros de costa, repartida entre ambos mares.
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Visitación Martínez Martínez 
La Iglesia de San Pedro Apóstol, dedicada en sus tiempos a los pescadores.
La víspera de los Reyes Magos, desfila la Cabalgata de Lo Pagán hasta San Pedro del Pinatar.