Etimológicamente el nombre de
Alfaro parece venir de la expresión árabe Al-Faruh que quiere decir 'el
faro' o 'la atalaya'. En época
romana fue llamado Graccurris. La situación geográfica de este lugar da pie a pensar en lo correcto de la anterior etimología ya que su situación es privilegiada en cuanto a la observación de toda la zona de la ribera del Ebro. En el
escudo de armas de la ciudad aparece una llave que hace referencia a su estratégica situación y la leyenda Alfaro, Clavis castellae ('Alfaro, llave de Castilla') lo confirma.
Los primeros testimonios de la ocupación humana de estas tierras la dan los hallazgos arqueológicos del yacimiento de
las Eras de
San Martín, correspondientes a la Primera Edad de Hierro en el siglo VIII a. de C. Sobre este primer poblado se encuentran evidencias de continuidad del poblamiento Segunda Edad del Hierro, correspondientes a la cultura de los vascones. Este asentamiento debe corresponder a Ilurcis, nombre que se cita con ocasión de la fundación de la ciudad romana de Graccurris.
El general
romano Tiberio Sempronio Graco llegó a Ilurcis y tras varios conflictos con la ciudad creó en el 179 a. de C. un nuevo núcleo de población que llevaría su mismo nombre. La nueva ciudad se llamaría Graccurris, la primera fundación romana del
Valle del Ebro, y se convertiría en una
plaza fuerte que pasaría a ser municipio en tiempos del emperador Tiberio, momento en el que se acuñaron en la ceca de Graccurris ases y semises.
En 1253 Alfonso X el Sabio le otorgó carta de villa, aumentándose los privilegios de esta en 1287 por Sancho IV el Bravo, en 1331 por Fernando IV y en el siglo XV por Juan II de Castilla. bEl litigio sobre las
aguas del
río Alhama continúa y se intenta resolver en 1437 mediante el matrimonio de Enrique IV de Castilla y Blanca II de
Navarra.
Felipe IV otorgó el título de Ciudad a Alfaro en 1629 a cambio de 40.000 maravedies pagados en distintos plazos. Durante los siglos XVII y XVIII tuvo una gran prosperidad que dejó en Alfaro
casas de numerosas
familias ilustres (Garcés del Garro, Quintana,
Valles, Hurtado de Mendoza, González de
Santa Cruz, Frías de Salazar, López de Montenegro o Echagüe). Hasta 1833, cuando se crea la provincia de Logroño, pertenece a la provincia de
Soria. El 21 de julio de 1936 tropas navarras y logroñesas tomaron la ciudad. Siendo la única zona de
La Rioja donde se opuso resistencia a los sublevados el 18 de julio.