Se cree que fue construida en el siglo X, tras llegar a la ciudad la imagen de la Virgen de la Vega. El edificio actual de estilo barroco, es consecuencia de varias ampliaciones, siendo la última de 1703 según proyecto de Bernardo de Munilla y Juan de Villanueva y llevandola a cabo Pedro Orcaechea, Ignacio Escurra y Pedro de Elejalde. Destaca el retablo barroco del altar mayor, con una imagen gótica de la Virgen de la Vega, datada en el siglo XIV.