Haro es una ciudad de la Rioja Alta conocida internacionalmente por sus vinos, pero también es una localidad con gran atractivo turístico y cultural. Su casco histórico fue declarado en el año 1975 Bien de Interés Cultural, por sus palacios, edificios e iglesias.
La iglesia de santo Tomás se localiza en el cerro de La Mota o La Atalaya, y es visible desde muchos puntos de la ciudad. Fue construida entre los siglos XVI y XVIII. La nueva iglesia se comenzó en 1534, demoliendo el antiguo templo que allí se encontraba y que pudiera ser del siglo XIV. La nueva iglesia fue llevada a cabo por Juan de Rasines, su hijo Pedro y su nieto Rodrigo, y posteriormente por otros maestros, hasta la inauguración del templo en 1607.
El órgano está situado sobre un arco de cantería en el lateral del coro de la iglesia, cuyas bóvedas son de crucería estrellada con nervios que dibujan formas geométricas. Fue contratado por el organero Lorenzo López de Galarreta y Baquedano, vecino de Lerín (Navarra), en el año 1642. A través de los años ha sido ampliado y reparado, perdiendo el órgano su estructura original. La última rehabilitación fue en 2003 por parte del Taller Diocesano de Restauración de Órganos.
Hoy en día tiene unos 1692 tubos. La caja es de estilo rococó, coronada con la pintura de santa Cecilia, obra de José de Herrador, vecino de santo Domingo de la Calzada.