Los estudios arqueológicos señalan una densa ocupación prehistórica en los cerros que bordean la ciudad actual y de los situados en su término municipal, al menos desde la Edad del Bronce. Durante la Edad del Hierro se aprecia un continuado proceso de concentración de la población que desemboca en la aparición de poblados más complejos, compuestos por viviendas rectangulares, parcialmente excavadas en la
roca, construidas con entramados de madera y adobes. Estos poblados celtibéricos que encuentran y, a veces destruyen, los conquistadores
romanos, se corresponden a los pobladores berones que citan las
fuentes clásicas.
Durante el periodo
romano, la
Nájera actual forma parte de Tritium (
Tricio), localidad situada a dos kilómetros. Tritium fue desde mediados del s. I y hasta el s. VI, el principal centro alfarero peninsular. Sus
cerámicas se distribuyeron profusamente por toda Hispania y las provincias del Mediterráneo occidental.
Bajo dominio musulmán se levanta un
castillo refugio en la cumbre del cerro que domina Nájera, que será fundamental en el control de
La Rioja Alta y de frontera cristiana.
En el 923, el rey pamplonés Sancho Garcés I, en colaboración con Ordoño II de
León, recupera Nájera y la Rioja Media y Alta, que deja bajo dominio de su hijo García Sánchez. Tras la destrucción de Pamplona por Abd al Arman en el 924 y la muerte de su padre al año siguiente, García Sánchez traslada su residencia a Nájera, en detrimento de Pamplona. Se denomina desde entonces rey de Nájera-Pamplona.
García Sánchez desarrolló una activa política de repoblación de los nuevos territorios y favoreció con cuantiosas donaciones a los
monasterios riojanos, especialmente a
San Millán de la Cogolla. La misma política mantendría durante los primeros años Sancho Garcés II, pero las campañas de Almanzor le obligarán, al igual que a su hijo García Sánchez II el Temblón, a firmar capitulaciones y a pagar tributos a
Córdoba.
Con Sancho III el Mayor (1004-1035), el reino de Nájera-Pamplona alcanza su mayor extensión, abarcando todo el tercio norte peninsular, desde
Cataluña a
Galicia, desde el Mediterráneo al Atlántico. Sancho III fue el gran impulsor de la ciudad de Nájera, convirtiéndola en la capital del primer Imperio Hispánico. Le otorgó un fuero que sirvió de modelo para numerosos lugares de Castilla,
Aragón,
Navarra y Vascongadas; creó aquí la primera ceca cristiana y fomentó y unificó el
Camino de Santiago.
Tras la muerte de Sancho III, se reparte su Imperio entre sus hijos, correspondiendo al primogénito, García Sánchez III, llamado el de Nájera por haber nacido y estar enterrado en la ciudad, los territorios patrimoniales de Nájera y Pamplona, así como la hegemonía política sobre los demás. García el de Nájera extendió sus dominios por la Rioja Baja conquistando Calahorra, fundó
Santa María la Real como sede episcopal, dotándola de numerosas propiedades; creó la orden de caballería de la Jarra o de la
Terraza, la primera de
España; y favoreció los escritorios monásticos de San Millán, Nájera y Albeida.
Le sucede Sancho IV, el de Peñalén, que culmina las obras de Santa María la Real. En 1067 se celebra en el
monasterio el concilio en el que se acuerda la sustitución del rito mozárabe por el romano. Sancho IV es asesinado por su hermano Ramón en Peñalén (1076). Los conflictos que provoca este acontecimiento desembocan en la división del reino y en la incorporación a Castilla de los territorios riojanos. Se pone fin de este modo al Reino de Nájera.
Monasterio de Santa María La Real.