Santa Engracia perteneció durante siglos a la población de
Jubera, hecho que se invirtió a mediados del siglo XX. Esta última aparece citada por primera vez en el siglo IX, época en la que se convierte en
plaza fuerte. Dos siglos más tarde, Jubera formó parte de una trasmisión que Doña Estefanía hizo al infante de Pamplona don Fernando. En el siglo XIII, el
castillo de Jubera pasó a manos de Don Sancho de
Navarra, usado como garantía en la tregua con Alfonso VIII de Castilla.
La población perteneció a la
familia Rodríguez Cisneros durante el siglo XVIII.
