Existen indicios de que en la zona había un asentamiento templario, en un cerro a la izquierda de la entrada a Villamediana desde
Logroño.
A mediados del siglo XI, la reina Estefanía, viuda del rey García el de Nájera cede el
pueblo a su hija Ermesinda Garcés bajo la forma jurídica de señorío de realengo, según aparece en su testamento.
El 19 de abril de 1162 se firma en Jubera la donación del término de Ruete que hace Pedro Jiménez (señor de los Cameros), a un
monasterio, y un testigo es de Villamediana.
En 1187 una persona natural de Villamediana, figura como testigo ante la donación por parte de doña Aldonza, viuda de Lope Díaz I de Haro (señor de
Vizcaya) de sus bienes localizados en
Nalda.
En 1680 consiguió por fin su independencia de Logroño, con la categoría de villa, dejando de ser considerada como aldea.
