Destaca la gran altura de los
arcos de embocadura de las
capillas laterales, escasamente comunicadas entre sí. A los pies se sitúa el
coro alto, cerrado con celosía, para uso de las monjas Agustinas Descalzas que habitan el
convento. Cuenta con una
capilla lateral elíptica donde se contienen las reliquias del milagro del Sagrado Copón, robado y encontrado intacto en 1568 y de una imagen del Niño Jesús de Praga que, según la
historia, inclinó sus dedos para señalar el lugar donde el Cáliz había sido escondido. Como curiosidad destacar que en esta capilla también se encuentra una replica de la Sábana
Santa, perteneciente a D. Juan Luis de Alzamora, secretario de Don Juan de
Austria, y que lo donó al convento.