En 1619 se decidió reconstruir la antigua
ermita medieval en una
iglesia de mayor tamaño y esplendor. Las obras terminaron en 1662. El
claustro si se conservó. Desde este momento la nueva Iglesia de
San Nicolás empezará a ser considerada como el principal templo de la ciudad de
Alicante, una vitola que hasta entonces ostentaba a Iglesia de
Santa María incluso desde la época musulmana cuando ambas aún eran mezquitas. Los planos arquitectónicos en los que se basó la obra fueron obra de Agustín Bernadino (discípulo de famoso arquitecto Juan de Herrera). La
capilla de San Nicolás, por su parte, fue obra de Juan de Villanueva en 1676. En el siglo XVIII se levantó la capilla de la
Comunión, de
cruz griega y que constituye una clara diferenciación con el resto.