En el término municipal se encuentran yacimientos que reflejan el paso de varias civilizaciones por el municipio. Así, se han encontrado restos de la Edad del Hierro, de los íberos, algún pequeño resto
romano y también visigótico.
Hace falta destacar el hallazgo de la
placa de un cinturón visigodo, que actualmente se encuentra al
Museo Provincial de Bellas Artes de
Castellón.
En los últimos siglos de la época islámica se cree que la mayoría de localidades de los término de
Cinctorres estaban ocupadas. Estas localidades podían ser pequeños asentamientos o bien alguna fortificación, situada en alguna cumbre, como el Fossar de los Moros y los Castellets.
Cinctorres fue conquistado el 1232 por Blasco de Alagón, incorporándose a las denominadas aldeas de
Morella y donado a la
familia En
Torre, cuyo
blasón formado por cinco
torres dio nombre a la población.
Las relaciones con Morella nunca fueron buenas, estando en cualquier conflicto Cinctorres del bando opuesto, por si en caso de ganar podían conseguir la independencia. En 1358, Cinctorres se fortifica con motivo de la guerra de Castilla. En 1369, el rey Juan I, ante sus quejas los concedió un margen de autonomía. En la sucesión de Martín el Humano, Morella se puso a favor de Fernando de Antequera y el resto de aldeas en contra. Un ataque de Morella a Cinctorres provocó la rendición de todas las aldeas.
Tras más conflictos en Morella, fue finalmente en 1691 cuando Cinctorres logra la independencia con el resto de ocho aldeas aprovechando la falta de dinero de la monarquía. Aun cuando Morella se opuso, el 9 de febrero de 1691 Carlos II firmaba el privilegio por las ocho aldeas, que pasaban a ser villas.
De especial relevancia fue el siglo XIX en Cinctorres, puesto que en toda la comarca se vivieron intensamente las tres guerras carlistas. Los finales de siglo XIX e inicios del XX, Cinctorres, como en otros
pueblos de la comarca, verá un desarrollo de la industria textil, en este caso especialmente de la faja. La figura del fajero, persona que se dedicaba a vender fajas por el resto de
España así como el sur de
Francia, está estrechamente atada en Cinctorres. El siglo XX, como otras muchas zonas rurales de
montaña, fue un siglo marcado por la despoblación. Cinctorres padeció una fuerte emigración, especialmente con destino a
Barcelona y su área metropolitana.