La parroquia de San Miguel se erigió en el siglo XV junto a la Puerta de Alfaro y a extramuros siendo, por tanto, la iglesia más antigua de la ciudad. En su origen lució un marcado estilo gótico pero las sucesivas ampliaciones y reformas realizadas hasta el s. XVIII la convierten en una joya del barroco navarro.

Actualmente la construcción de ladrillo sobre basamento de piedra y contrafuertes cuenta con una planta de tres naves, cabecera pentagonal y crucero. La fachada principal, igualmente de ladrillo y con escalinata de piedra a sus pies, muestra una portada de arco de medio punto entre pilastras clásicas. Ésta luce nicho hueco ocupado por la escultura renacentista de San Miguel y una ventana en cuyos laterales se adjuntan escudos de la ciudad; sobre la cornisa el frontón triangular partido albergaba una talla de San Pedro de principios del XVII; y en cada uno de los laterales unas portadas ciegas y cuerpos de ladrillo almohadillado dan paso a dos campanarios, fechados en el s. XIX, de base octogonal rematados con agujas.

En su magnífico interior bóvedas de arista cubren las naves centrales y laterales, bóvedas de cañón con lunetos los brazos del crucero, una cúpula elíptica su centro y una bóveda al horno cierra el ábside. Así mismo, todo el perímetro de la iglesia lo recorren ricas y teatralizadas ornamentaciones de escenas bíblicas a las que se añaden pinturas murales realizadas en el s. XX para potenciar la exuberancia rococó del templo, cuyo máximo representante es el retablo mayor.

Éste, de cascarón y planta cóncava articulado por enormes columnas, acoge imágenes del santoral entre las que destaca San Miguel; fue realizado entre los años 1718 y 1722 por el maestro Juan Antonio Gutiérrez -a José Saénz de Inestrillas corresponde su dorado e incorporación en 1790 de novedades decorativas y estructurales rococós-. Así mismo, el templo conserva en su interior un preciado crucificado flamenco del siglo XV; cuenta con diversos retablos, púlpitos, sillería coral, tallas, un órgano y rico ajuar de una exquisitez propia de los siglos XVII y XVIII.