La primera referencia al topónimo de la población la encontramos en la Carta Puebla que otorgó Jaime I en 1260, donde se recoge el topónimo en valenciano antiguo Setaygues como calco del latín Septem Aquis.
Desde su fundación en el siglo XIII hasta el siglo XVII se mantuvo el topónimo valenciano para referirse a la población, como se refleja en la documentación de la época.
En el siglo XVII cuando en las actas locales se empieza a traducir el topónimo de Setaigües por el de
Siete Aguas, debido a las repoblaciones con
familias de
Castilla y León y cuando la castellanización del municipio se hará más evidente.
En el siglo XIII, el término municipal de Siete Aguas era el que ponía fin al Reino de
Valencia y tal circunstancia le había dado la importancia que suelen tener las zonas fronterizas. Dicha importancia se plasmó en el hecho que en 1238 el rey Jaime I de
Aragón, aún en el asedio de Valencia, donó a Roderic de Liçana los
castillos y villas de
Buñol, Montroi y
Macastre, reservándose para sí la villa de Siete Aguas por su disposición estratégica.
El rey Jaime I dio los territorios de Siete Aguas en 1260 a Berengel•la Ferrandis (su mujer no legítima) y a Pere Ferrandis (hijo bastardo que tuvo con ella). El 17 de noviembre de ese mismo año otorgaron Carta Puebla a favor de Miquel Pere de Portaguerra y otros 30 caballeros cristianos para que repoblaran Siete Aguas, convirtiéndola en una isla de cristiandad regida a Fuero dentro de una comarca habitada casi exclusivamente por musulmanes y regida por las leyes islámicas. Ya en la Carta Puebla aparece el topónimo valenciano Setaygues, la traducción del latín del calco Septem Aquis
Después, en 1304, fue vendida la villa a Alfonso IV el Benigno, para terminar siendo heredada por el infante Pedro, Conde de Urgel. Luego, tras el Compromiso de Caspe la baronía de Siete Aguas pasó a la Corona de Aragón el 29 de noviembre de 1413 hasta 1425, año en que fue donada a Miquel Mercader.
En el siglo XVI se construyó el
Hospital. Y en el año 1650 un gran
mesón para albergar a todos los viajeros. En 1761, reinando Carlos III, Siete Aguas y otros
pueblos de la comarca son incorporados a la Corona.
Posteriormente fue anexionada al Condado de Buñol, hasta la abolición de los señoríos por las Cortes de
Cádiz en el año 1812. Después vendría la emancipación de Siete Aguas respecto del Conde dueño de la comarca, sus intervenciones en la guerra de la independencia (1808) y en las guerras carlistas.
Asimismo, es importante destacar el fin de la situación fronteriza de Siete Aguas por una Real Orden de 26 de junio de 1851, dada por Isabel II, por la que incluía a
Requena y su comarca en la provincia de Valencia, pasando a delimitar la frontera el
río Cabriel, retirando de su ubicación la
Cruz Pairal que delimitaba ambos reinos.