Salvo en cortas etapas del siglo xvi, la población seguirá dependiendo principalmente de la capital del Guadalquivir. Diferentes enfrentamientos bélicos se desarrollarán a lo largo del siglo xv, afectando directamente a Fregenal y a su población, destacando las revueltas nobiliarias contra la subida al trono de Isabel la Católica. Su posición estratégica, cercana a la frontera con el vecino reino de Portugal, la colocarán en el punto de mira de lusos y castellanos