Su cercanía a la figura de Martín Pérez de Ayala, su profesor en Alcalá y obispo de Segovia, le permitió viajar en 1562 hasta los territorios españoles en Flandes, para participar del Concilio de Trento, donde destacó por su erudición. De vuelta a España, su monarca Felipe II le nombró capellán en 1566, encargándole igualmente, la que sería su ópera prima, la Biblia Políglota de Amberes, de cuya impresión se encargó Cristóbal Plantino.