La fundación del
convento se data en 1563, tras resolverse la polémica entre los representantes de las provincias franciscanas de
San Gabriel y San Miguel, que llegaron a fundar dos comunidades distintas en sendas
ermitas de la localidad, las de San Antón y los Mártires. Fueron los frailes de la provincia de San Miguel los que consiguieron la autorización definitiva, de manera que pudieron trasladarse a la actual situación del convento, cuyas obras se iniciaron en ese momento.