En 1820 y 1821 la comunidad pudo eludir, en razón del número de religiosos que la componían en esos momentos, la desamortización del Trienio Liberal. Moraban entoncesen él un total de veintiún religiosos, cifra menor que la existente en los siglos anteriores, hecho que se deduce de la existencia de treinta celdas. En cambio, el
convento no sobrevive a la Desamortización eclesiástica de 1835 y 1836, momento en que se disuelve la comunidad y sus bienes, incluyendo el propio
edificio, son incautados por el Estado, a excepción de la
iglesia.