Años después se trasladó a la que fue su Universidad, la de Alcalá, donde amplió sus conocimientos en medicina, teología, filosofía, las lenguas clásicas (latín y griego) y las semíticas (árabe, hebreo y sirio). Una vez ordenado sacerdote se retiró a la vecina localidad serrana de Alájar. Su cercanía a la figura de Martín Pérez de Ayala, su profesor en Alcalá y obispo de
Segovia, le permitió viajar en 1562 hasta los territorios españoles en Flandes, para participar del Concilio de Trento, donde destacó por su erudición.