De vuelta a
España, su monarca Felipe II le nombró capellán en 1566, encargándole igualmente, la que sería su ópera prima, la Biblia Políglota de Amberes, de cuya impresión se encargó Cristóbal Plantino. Las innovaciones introducidas con respecto a la Biblia Políglota Complutense y, más aún, en relación con la Vulgata, levantaron los recelos de la Inquisición, y fue denunciada por
León de Castro, si bien pudo ser finalmente editada en Amberes en 1572. La recopilación estaba compuesto por el texto sagrado en hebreo, griego, arameo y latín.