Próxima a la fortaleza se eleva la iglesia parroquial de Santa María de la Encarnación. Está situada en la plazuela que lleva su nombre, contigua a la puerta de Sevilla; es la parroquia más antigua de Jerez, ya que data de la época visigoda, como lo testimonia una inscripción grabada sobre el fuste de una colunma: "D VIIII KL IANUARI SERA DC XXXXIIII DEDICA TA EST HECECESIA SE MARIE": EN EL DIA NOVENO DE LAS CALENDAS DE ENERO, DE LA ERA 594, FUE DEDICADA ESTA IGLESIA A SANTA MARIA; sería pues el 25 de diciembre del 556 de nuestra era.
La primitiva fábrica debió ser la mezquita donde hacían oración los creyentes del corán, ya que ocupaba un lugar preferente en la ciudadela fortificada; además fue la iglesia principal cuando la población estuvo dominada por la Orden de los Templarios, quienes confirmaron la consagración benificada en el siglo VI a Santa María, su patrona.
La actual fábrica data del siglo XVI y su estilo es una transición del Barroco al Neoclásico como lo demuestra su inacabada torre. La planta del templo es de cruz latina, formada por tres naves divididas en cuatro tramos cubiertos con bóvedas baidas que descansan en pilares granínicos cuadrangulares y cruciformes.
Al siglo XVI corresponde su estructura general y algunas capillas. A la capilla mayor se accede por una escalinata de mármol blanco de nueve peldaños. Los muros son de mampostería con refuerzos de sillares en las esquinas, los contrafuertes son de granito y rematan en copulines; en cada costado se abre tres vanos que iluminan el interior.
Parte de la decoración de la cúpula de la capilla mayor data del siglo XVIII. En ella se observa las figuras que representan a San Juan, San Joaquín, Santa Ana y San José.
La cúpula del crucero, de estilo renancentista, tiene decoración barroca de relieves con emblemas del sol, la luna, la estrella de la Natividad y el lirio de la Virgen, entre querubines y adornos de todo tipo.

Torre de Santa María La torre de Santa María es la más tardía y sencilla del resto de las torres jerezanas.
Se trata de una maciza estructura rectangular situada a los pies del edificio y centrada en la planta. Se alza sobre un sólido basamento granínitico y origina en su arranque un atrio portificado, que se consigue por cuatro gruesos manchones y arquerías de medio punto dobeladas.
Una ventana rectangular, centrada en el paramento principal, ilumina el espacio interior. Este cuerpo inferior está fabricado en sillares en los que se abre un gran vano de medio punto, en cada lado, formando un atrio porticado que da acceso al templo.
Sobre este primer tramo de la torre se levanta un segundo de mampostería evidenciando una mayor pobreza de materiales.
El tramo de campanas o cuerpo superior aparece construído con ladrillos y han sido enfoscados con cal. Sus cuatro parámetros presentan idénticas disposiciones: estrechos vanos pareados cerrados por arcos de medio punto que recogen las campanas; sencillas pilastras cajeadas levantadas sobre esveltos podios, enmarcan los huecos y sencillas molduras han sustituído a los capiteles y resuelto el entablamento de igual forma.
No se sabe si la torre no está terminada ya que no hay documentación referente a dicha suposición; tampoco encontramos evidencias arquitectónicas que lo demuestren. El remate final consiste en un esvelto chapitel curvo cupulado, con buhardillas, originado por bóveda esquifada, construída con ladrillos, presentando al exterior cuatro graciosas buhardillas en cada paño. La edificación de esa zona se realizó hacia 1803.