No será hasta el final del Neolítico y Calcolítico cuando, de nuevo, se documenta el asentamiento de pobladores, como muestra el cercano emplazamiento de Araya, y las numerosas muestras de pinturas rupestres esquemáticas en su término municipal. El Neolítico es el último de los periodos en que se considera dividida la Edad de
Piedra. El término, que quiere decir «de piedra nueva», se refiere a las elaboradas herramientas de piedra pulida que caracterizan ese período y lo diferencian de la «antigua» Edad de Piedra, o Paleolítico, con herramientas de piedra tallada, más toscas. En la periodización americana, el Neolítico coincide aproximadamente con el Periodo Arcaico. La Edad del Cobre, también llamada Calcolítico o Eneolítico, es un período de la prehistoria ubicado entre el Neolítico y la Edad del Bronce. En el término municipal de
Mérida se conocen al menos 50 abrigos o
estaciones con
arte parietal rupestre, localizados en la umbría de la
sierra de
San Serván, Cerro de la Moneda, y Sierra Grajera. Estas manifestaciones datan principalmente del periodo calcolítico y la edad del bronce.