El templo actual se levantó en el siglo XIII, sobre la misma planta de la basílica original y reaprovechando algunos materiales, tras la reconquista de
Mérida por Alfonso IX. Alfonso IX de
León fue el último rey de León como reino independiente, desde 1188 hasta su muerte en 1230. Su hijo Fernando III de León y de Castilla une definitivamente los reinos de León y de Castilla en 1230. La Basílica, aparte de su significado religioso, merece ser visitada y contemplada con detenimiento. Es la única construcción plenamente
medieval que se encuentra en la capital extremeña. Destacan las
capillas laterales al
altar mayor y la
puerta derecha de la
fachada, de estilo
románico, poco frecuente en
Extremadura y en el que ya empiezan a notarse influencias del
gótico. En el interior destaca el artesonado que cubre sus
bóvedas y los
capiteles y
columnas, algunos de los cuales proceden del templo visigodo.