Las excavaciones realizadas en el subsuelo de la Basílica desde 1990 sacaron a la luz el impresionante recinto subterráneo, hoy visitable. En esta cripta, donde han aparecido importantes restos
romanos y visigodos, destacan los vestigios del primer túmulo funerario o Mausoleo martirial de
Santa Eulalia, tardorromano, sobre el cual y en torno al cual se edificó la grandiosa basílica visigótica cuyo frontal superior se ha salvado de todas las demoliciones y sigue cerrando el
ábside del
altar mayor. Los datos arqueológicos indican, en primer lugar, la existencia en este espacio de
casas romanas entre los siglos I y III de nuestra era. Posteriormente, en el siglo IV, tras el abandono del recinto se estableció una necrópolis cristiana en la que se levantó un
edificio tumulus en memoria de Santa Eulalia de
Mérida que supondría el embrión de la basílica erigida en el siglo V. Santa Eulalia de Mérida fue una santa cristiana que padeció el martirio en la ciudad de Augusta Emerita, actual Mérida, bajo las persecuciones del emperador Diocleciano. La noticia de la vida y martirio de la santa emeritense se expandió rápidamente por el Imperio
Romano, convirtiendo a la ciudad en uno de las metas más importantes de peregrinación de Europa occidental durante la alta Edad Media. De hecho, y hasta la proclamación de Santiago Apóstol, Eulalia fue invocada como protectora de las tropas cristianas en la Reconquista y patrona de las Españas. Actualmente, ostenta el título de alcaldesa perpetua de Mérida y patrona de dicha ciudad. Asimismo, ejerce su patronazgo sobre la Archidiócesis de Oviedo y sobre numerosas localidades de
España,
Portugal,
Italia, Hispanoamérica... Desde 2012 es también patrona de la
juventud de la Archidiócesis de Mérida-
Badajoz.