Su creación fue autorizada en 1827 por Fernando VII a petición de un grupo de labradores de
Don Benito,
Medellín y Montánchez, que encabezados por el dombenitense Antonio López, reclamaron al rey tierras para su cultivo. El nombre del nuevo asentamiento se aplicó en honor de la tercera esposa del monarca, María Josefa Amalia de Sajonia, muerta en 1829. El nuevo
pueblo se edificó de nueva planta en el lugar delimitado por el Corregidor de Villanueva de la Serena sobre los baldíos de Realengo del Carrascal, Lomo de la Liebre y
Montes Cuadrados. Su
Iglesia parroquial fue construida entre 1831 y 1842 por el maestro alarife Fabían González. A partir de su millar inicial de moradores, y tras unos inicios difíciles debido a los enfrentamientos con los labradores de Medellín, que pretendían continuar explotando las tierras entregadas a
Santa Amalia, el nuevo núcleo consolidó una notable prosperidad, desarrollándose de manera extraordinaria. De tal modo, su tejido construido se ha multiplicado casi por cinco respecto a su entidad primitiva, contando con el presente con más de 4.500 habitantes. El carácter de centro agrícola cimentado en sus excelentes tierras, se encuentra reforzado en el sector servicios por su estratégica situación en un punto clave de las comunicaciones en las rutas más importantes de la región. Por tal razón, Santa Amalia es también un nudo crucial de
carreteras en el que proliferan los establecimientos hosteleros y servicios de toda especie.