La gran reforma se produce cuando los
Feria alcanza el rango ducal y la grandeza de
España; el alcázar se convierte en
palacio. Los cambios, iniciados durante el mandato del II Duque (1571-1609) serán profundos aunque se tuvo especial intención de mantener los viejos signos externos para dejar clara la
antigüedad del linaje. En una primera fase se añaden dos alas de nueva construcción adosadas a ambos lados de la
puerta principal y dos galerías o corredores a uno y otro lado de la
torre sureste, se reestructuran algunas dependencias interiores y se construye el
patio interior de mármol blanco (cuyas trazas fueran erróneamente atribuidas a Juan de Herrera).