La construcción del
convento se inició en 1505 por iniciativa de los Reyes Católicos para ser la sede de la Orden de Caballería de
Alcántara, una orden
militar y religiosa. Aunque participaron muchos maestros mayores de obra en su construcción, destacaron Pedro de Larrea, encargado del diseño y construcción del
claustro, y Pedro de Ibarra, que
realizó gran parte de la
iglesia y la hospedería. En 1574, cuando el convento estaba terminado, se dio por finalizada la iglesia con algunos trabajos pendientes como el desarrollo de la nave central y las laterales.
Tras un bombardeo durante la conquista de Alcántara por el marqués de las
Minas a principios del siglo XVIII, el convento fue ocupado y sufrió graves daños. En 1836, la desamortización llevada a cabo por el ministro Mendizábal supuso la expropiación del
edificio; el convento pasó a ser propiedad estatal usada como cárcel y
escuelas.
30 años después, fue subastado y
comprado por la
familia de Amarilla y Sande que lo utilizó como propiedad particular hasta 1961