En una operación, que pretendía acabar con todos los ilustrados influyentes, llevada a cabo por Godoy y Caballero, será acusado de hereje y deportado a Mallorca, donde es mantenido preso durante más de 8 años en la cartuja de Valldemosa y en el castillo de Bellver. Tras la invasión francesa, Jose Bonaparte le ofrece un nuevo cargo de ministro que el rechaza, manteniéndose al lado de quienes se habían levantado contra los invasores. Representó a Asturias en la Junta Central y desde allí contribuyó a reformar las Cortes, esta actuación queda justificada en la obra Memoria en defensa de la Junta Central (1811). Muere en Puerto de Vega el 27 de noviembre de 1811.