La iglesia del colegio tiene planta de cruz latina con brazos cortos, el retablo es de madera de nogal y alberga en su mayoría escenas de la vida de la Virgen María, a su izquierda hay una estatua en bronce del Cardenal fundador del Colegio y en frente hay una copia de un cuadro de Nuestra Señora la Antgua ya que el original lo tuvieron que vender para costear las obras de reparación de todo el conjunto. En una de las capillas laterales hay un Santo Cristo en mármol mandado esculpir por Felipe II para el Escorial y que se lo regaló al Cardenal. En el Museo que está en la sacristía se pueden admirar obras bibliográficas, ornamentos sagrados e incluso importantes óleos, entre ellos dos Grecos. p