El siglo xvii será crucial para la historia de La Guardia debido a las presiones beligerantes derivadas de la Guerra de los Treinta Años. Se construye el Castillo de SantaCruz, una plazamilitar conquistada por los portugueses en 1665. Con esta victoria La Guardia perteneció al Reino de Portugal durante tres años. De aquel tiempo también es una pequeña fortaleza ubicada en un pequeño islote en la boca del puerto, una construcción que recibía el nombre de Atalaya, elemento protagonista del escudo de la villa.