El IIM lleva siendo referencia de la investigación marina en España y particularmente en Galicia durante casi 70 años. El actual IIM inició su andadura como “Laboratorio Costero de Vigo” (1951) dependiente del Instituto Nacional de Investigaciones Pesqueras de Barcelona. Su situación geográfica en Galicia respondía al gran desarrollo que, desde los años 40, experimentaron la pesca y la acuicultura, así como el procesado de los productos del mar (salazón, refrigerado y conserva) en la Comunidad Autónoma.

En 1978, el Laboratorio adquirió autonomía como Instituto de Investigaciones Pesqueras de Vigo, atendiendo a las demandas del sector pesquero de que existiesen instituciones descentralizadas que atendiesen a las necesidades de investigación de las que dependía su actividad. No obstante, en 1989, el Instituto cambió su nombre de Instituto de Investigaciones Pesqueras a Instituto de Investigaciones Marinas, para así reflejar su carácter multidisciplinar y su visión holística a la hora de investigar el ecosistema marino.

Tuvo su primera sede en el antiguo Colegio Alemán. En 1960, ante la reclamación del inmueble por parte del Gobierno de Alemania, se trasladó a otro situado en Beiramar, propiedad de la Junta de Obras del Puerto, donde permaneció hasta 1973, cuando se inauguró su actual sede, sita en Bouzas.

Tras los acuerdos de 2018 entre el CSIC y la Xunta de Galicia, el centro se prepara para un nuevo traslado a los terrenos de la antigua Escuela de Transmisiones y Electrónica de la Armada (ETEA) en el barrio de Teis, donde se integrará en el Campus Científico-Tecnológico del Mar, un complejo promovido por la Xunta de Galicia que agrupará a entidades académicas y de investigación e innovación en el área marina y en el que el IIM pretende ejercer un papel de elemento dinamizador, que promueva la innovación tecnológica y la cultura oceánica, al mismo tiempo que se mantiene como referente a nivel internacional en la investigación marina.