El claustro de la Iglesia de San Pedro de la Rúa, está fechado en torno a 1170, es uno de los elementos más bellos del conjunto. Sólo conserva las galerías norte y oeste, ya que las dos restantes desaparecieron con la voladura del castillo de Zalatambor, ordenada por Felipe II en 1572. De planta cuadrada, pertenece a un románico tardío y decorativo que combina la iconografía del Camino de Santiago con otros temas vegetales y animales.
Contiene sencillas arquerías de medio punto, nueve por banda, apoyadas en parejas de columnas. Así, en los capiteles del ala norte se representan escenas de santos y de la vida de Cristo, mientras que en los de la crujía oeste se esculpieron motivos vegetales y seres fantásticos como arpías y variaciones sobre águilas. Y no pase por alto un capricho excepcional de esta última crujía, que se repite en Burgo de Osma y Santo Domingo de Silos: las cuatro columnas torsas entrelazadas en las que se apoya la arquería central.