Atauri es una villa milenaria. Se han encontrado restos de la Edad del Hierro y Bronce en el
Monte del Fraile. En el siglo XI, aparece en la
Reja de
San Millán con el nombre de Atauri de Suso y Atauri de Yuso.
Debido a su situación estratégica, fue asentamiento de los Reinos Navarros y Castellanos, y se cree que su
castillo estuvo construido en lo alto del monte del Fraile. Aparece en documentos del siglo XII y es nombrada en los Fueros dados por Sancho el Fuerte de
Navarra a Larraun en 1192 y a Larraga en 1193.
En el año 1199, Castilla la conquistó para su rey Alfonso VIII. En el año 1204 el rey castellano, en su testamento, promete a su muerte devolverlo a los monarcas navarros, al considerarlos sus legítimos dueños, junto con los
castillos de
Santa Cruz, Marañón, la villa fuerte de
Antoñana y la
puerta de
Corres.
Fue señorío de los Gaona y Samaniegos.
En una de las
casas del
barrio de arriba, murió el general carlista D. Francisco Sáenz de Ugarte en 1894.
Hasta 1730 existió un
puente de madera sobre el
río Barrón. Destruido en varias ocasiones por las riadas, en 1767 se construyó el puente de
piedra actual, que une a los dos
barrios.
Al Norte, aprovechando las
aguas del barranco de Tobera, se construyó en 1766 el
molino harinero. Aunque hoy está en
ruinas, conserva algunos componentes y la estructura del sistema hidráulico, así como la piedra de moler.
En lo alto del
pueblo se encuentra la
Cueva de los Moros, con pinturas de figuras humanas y signos abstractos.
Al sur de la villa se halla el
edificio en ruinas de la antigua
estación del ferrocarril vasco-navarro, el puente con varios
arcos y el
túnel que atraviesa el barrio de Arriba.
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