Bóveda se sitúa en la unidad hidrogeológica de Valdegobia, es decir, con recursos hídricos subterráneos, de entre las definidas para el País Vasco. El pueblo tiene varias fuentes que manan incluso en los veranos secos. La presencia al norte de masas calizas con carácter acuífero dan lugar manantiales de cierta importancia. Sólo en la subunidad de Bóveda, considerando una infiltración del 70% de la lluvia útil sobre la superficie considerada (37 km2), los recursos medios anuales alcanzan 5, 8 Hm3...