La primera mención histórica sobre esta localidad data del siglo X, cuando aparece en un catálogo de
pueblos de
Álava bajo el nombre de Zalduhondo.
Su nombre puede tener el significado original de junto al soto, ya que zaldu(a) es una palabra vasca que significa soto, selva, bosque ; mientras que (h)ondo, significa junto a. Es muy posible que este nombre esté relacionado con la estratégica posición que ocupaba la villa, a los pies del antiguo
camino que iba a través del Paso de
San Adrián hacia
Guipúzcoa, es decir al comienzo del camino que unía la agrícola Llanada alavesa con los boscosos y (entonces)selváticos
valles de Guipúzcoa. Sin embargo no está muy clara esta hipótesis ya que existen también poblaciones llamados Zalduendo fuera del
País Vasco.
Durante la Edad Media fue una población importante en una de las rutas jacobeas que unían
Francia con Castilla a través de Guipúzcoa, el Paso de San Adrián y la Llanada Alavesa, encargándose de custodiar la vertiente alavesa del mencionado paso. La población fue parte del Señorío de los Ayala y posteriormente del de los Guevara y se convirtió en villa señorial con el nombre de "Zalduendo", una variante del nombre original.
La villa se vio afectada por el progresivo abandono de la ruta de San Adrián, que cayó finalmente en desuso tras trazarse la
carretera N-1, a través de Alsasua. Debido a ello quedó relegada a un carácter rural como muchas de las otras pequeñas poblaciones de la Llanda Alavesa.
Con la formación de los municipios, la villa de "Zalduendo", se convirtió en uno más de ellos, siendo el único municipio de la Llanada Alavesa formado por una única población. Debido a la existencia de otro municipio llamado Zalduendo en
Burgos, tuvo que adoptar el nombre oficial de "Zalduendo de Álava". En fechas relativamente recientes adoptó el nombre oficial de
Zalduondo.
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