Tanto la ermita como el monte donde se ubica la misma (con anterioridad llamado peña Aldabe) deben su nombre al santo de la fecha del 30 de junio, ya que ese mismo día del año 1522 los iruneses lograron una brillantísima victoria contra el invasor francés.
En conmemoración de tal hazaña, el capitán general de Guipúzcoa, don Beltrán de la Cueva, decidió construir un convento en honor de San Marcial, quedando al final en una ermita que ha sufrido numerosas alteraciones a lo largo de los siglos.