Bandera rectangular, formada por dos franjas horizontales iguales, verde la superior y negra la inferior, con el escudo del municipio en el centro. (Sestao River Club)

Durante los siglos XX y XXI se han asociado los colores verde y negro con el concejo de Sestao, al ser los colores de clubes deportivos de la localidad como el Sestao Sport Club, el Club Deportivo de Remo Kaiku y el Sestao River Club. Por ello, cuando en marzo de 2014 el Ayuntamiento presentó un proyecto de participación ciudadana para elegir una bandera municipal, las cuatro opciones que presentó fueron combinaciones de estos dos colores. 5​ Estas cuatro propuestas habían sido diseñadas por el vexilólogo Juan José González. Resultó elegida una enseña «rectangular, de proporción 2:3, formada por dos franjas horizontales iguales, verde la superior y negra la inferior».

La iniciativa fue aprobada6​7​ y el sábado 1 de octubre de 2016 se procedió al izado de la bandera. 8​ Hasta entonces se había utilizado un pendón granate (como otros municipios de Vizcaya) con el escudo municipal en el centro.